В 2029 году кибернетические протезы стали обычным делом. Многие меняют руки или ноги на механические аналоги. В центре событий — майор Мотоко Кусанаги, сотрудница 9-го отдела. Её команда расследует сложное дело. Неизвестный хакер, скрывающийся под именем Кукловод, проводит серию атак. Его мотивы и личность пока остаются загадкой.